Steve (Gesang, Gitarre) und Dave Houtmeyers (Drums, Percussion, Orgel), die ursprünglich aus Grindcore- und Death Metal-Bands kommen, gründen Hypnos69 gemeinsam mit Tom Vanlaer (Bass, Synthesizer) im Jahr 1994 in Diest, Belgien. Einige Jahre später kommt Steven Marx (Saxofon, Mellotron, Orgel) dazu.
In ihrem Bandnamen nimmt "Hypnos" Bezug auf den griechischen Gott des Schlafs und des Unterbewusstseins, während die Zahl 69 für Gleichgewicht und Stabilität steht. Die Vorbilder von Hypnos69 sind die großen Psych Rock-Bands der späten sechziger und frühen siebziger Jahre. 2000 bringen sie ihre erste EP heraus, zwei Jahre später folgt ihr erstes Album "Timeline Traveller". Hypnos69 werden zu Szenegrößen und touren durch ganz Europa.
2012 trennt sich die Band nach einer kurzen letzten Tour. Im September 2022 finden die Originalmitglieder wieder zusammen, um gemeinsam beim 25-jährigen Jubiläumskonzert der Konzertagentur Orange Factory in Leuven aufzutreten. Seitdem sind die Space Rock-Veteranen wieder aktiv und gern gesehene Gäste auf europäischen Festivals und in Clubs auf dem ganzen Kontinent.