Jan van Aken wurde 1961 in Reinbek geboren. Nach seinem Abitur begann er, Biologie an der Universität Hamburg zu studieren. Gleichzeitig engagierte er sich ab dem Jahr 1980 in der Anti-Atomkraft-Bewegung. Nach Abschluss als Diplom-Biologe (1989) und seiner Promotion (1993) war er wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Hamburg.
1997 wurde er Experte für Gentechnik bei der Umweltschutzorganisation "Greenpeace International" (bis 2009). Parallel dazu arbeitete er von 2004 bis 2006 als Biowaffeninspekteur für die Vereinten Nationen.
2006 trat er der Partei Die Linke bei und wurde zwei Jahre später deren Spitzenkandidat bei der Bundestagswahl 2009 in Hamburg. 2016 wurde er in den Bundesvorstand der Partei gewählt.
2009 bis 2017 war er Bundestagsabgeordneter für die Partei Die Linke. Von 2009 bis 2011 war er stellvertretender Vorsitzender der Linksfraktion und ab 2012 deren außenpolitischer Sprecher.
In beiden Wahlperioden war van Aken ordentliches Mitglied des Auswärtigen Ausschusses des Bundestages und stellvertretendes Mitglied in dessen Unterausschuss für Abrüstung, Rüstungskontrolle und Nichtverbreitung, in der 18. Wahlperiode zusätzlich stellvertretendes Mitglied im Verteidigungsausschuss.
Bei der Bundestagswahl 2017 trat er nicht mehr an.
Heute publiziert van Aken zu Sicherheits- und Friedenspolitik, u.a. für die Rosa-Luxemburg-Stiftung und "Der Freitag".
