Andrea Rotter studierte in Passau International Cultural and Business Studies sowie International Politics and Transatlantic Relations in Regensburg. Daraufhin lehrte sie an der Professur für Internationale Politik und Transatlantische Beziehungen der Universität Regensburg und arbeitete unter anderem für das American Institute for Contemporary German Studies und die Stiftung Wissenschaft und Politik, ehe sie zur Hanns-Seidel-Stiftung wechselte.
2018 war sie Visiting Fellow des German Marshall Fund und des American-German Institute der Johns Hopkins University in Washington, D.C.
2018–2022 war sie Mitglied des Arbeitskreises "Junge Sicherheitspolitiker" der Bundesakademie für Sicherheitspolitik.
Aktuell gehört sie dem erweiterten Vorstand von Women in International Security Deutschland (WIIS) an und leitet das Chapter in München.
Ihre Forschungsschwerpunkte liegen u.a. auf der transatlantischen Sicherheitskooperation, der deutschen bzw. europäischen Sicherheits- und Verteidigungspolitik.